Zapowiedzią następnej generacji samochodów MR 2 był sudialny model o nazwie MR-S przedstawiony podczas Salonu Samochodowego w Tokio, w 1997 roku. W pierwszych miesiącach 1999 roku seryjne egzemplarze tych pojazdów trafiły do sprzedaży. Układ mechanizmów pozostał bez zmian, ale zamiast nadwozia typu coupe nowa generacja MR 2 otrzymała otwarte nadwozie typu roadster, wyposażone w miękki składany dach. Rozstaw osi został ponownie zwiększony, tym razem o 5 cm, natomiast długość całkowita uległa znacznemu skróceniu (do 3,88 m). W odróżnieniu od dwóch poprzednich generacji reflektory nie były już chowane.

Nową jednostką napędową był czterocylindrowy wolnossący silnik benzynowy o pojemności skokowej 1,8 dm3. Był on umieszczony poprzecznie przed osią kół tylnych. Napęd na koła tylne przenoszony był poprzez pięciobiegową mechaniczną skrzynię przekładniową.

Jesienią 2002 roku przeprowadzono modernizację samochodów MR 2. W ramach face-liftingu zmieniono przedni zderzak i umieszczono w nim okrągłe lampy przeciwmgielne. Zmieniono także klosze tylnych lamp zespolonych. W następnym roku wprowadzono sześciobiegową skrzynię przekładniową i zmiany w zawieszeniu kół.

W 2004 roku wzmocniono strukturę nośną nadwozia, co wiązało się z niewielkim wzrostem masy własnej.

Zakończenie produkcji samochodów trzeciej generacji nastąpiło początkiem 2007 roku. Następcy tej rodziny nie przewidziano.